Il Ministero delle Politiche Agricole Alimentari e Forestali ha ritenuto opportuno stabilire con 
decreto ministeriale una soglia numerica di presenza di residui di prodotti fitosanitari oltre la quale non è concedibile la certificazione della produzione biologica, anche in caso di contaminazione accidentale e tecnicamente inevitabile, al fine di fornire criteri uniformi di valutazione nello svolgimento dell’attività da parte degli organismi di controllo.
Tale soglia assume valori diversi a seconda che si tratti di prodotti fitosanitari inseriti nell’allegato II del Reg. 889/2008 e, quindi autorizzati in agricoltura biologica o prodotti non consentiti in agricoltura biologica o prodotti il cui uso è vietato anche in agricoltura convenzionale.
Per quanto riguarda i prodotti fitosanitari consentiti in agricoltura biologica, si applicano i limiti massimi di residui (LMR) previsti dal Reg. (CE) n. 396/2005 per le produzioni convenzionali.
Con riferimento ai prodotti fitosanitari non presenti nell’allegato II del Reg. (CE)
n.889/2008, ma il cui uso è autorizzato in agricoltura convenzionale, è opportuno considerare 0,01 mg/kg quale limite inferiore, inteso come “soglia numerica” al di sopra della quale non è concedibile la certificazione di prodotto biologico, anche in caso di contaminazione accidentale e tecnicamente inevitabile, a meno che non siano previsti limiti inferiori dalla legislazione applicabile per particolari categorie di prodotto.
Nel caso di prodotti trasformati e/o compositi tale soglia numerica dovrà essere applicata tenendo conto delle variazioni del tenore di residui di prodotti fitosanitari determinate dalle operazioni di trasformazione e/o miscela, sempre che non siano previsti limiti inferiori dalla legislazione applicabile per particolari categorie di prodotto.
Nel caso di prodotti composti non esclusivamente da prodotti biologici, è necessario tenere presente i LMR relativi alla frazione di prodotti non biologici.
In caso di sostanze il cui uso non è più autorizzato, neanche in agricoltura convenzionale, si applicano i LMR previsti dal Reg. (CE) n. 396/2005 per gli alimenti convenzionali.